化學(xué)蛋白組學(xué)的實(shí)驗(yàn)流程與數(shù)據(jù)分析檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

化學(xué)蛋白組學(xué)（Chemical Proteomics）是一種結(jié)合化學(xué)探針和高分辨質(zhì)譜分析的方法，能夠在原位、原態(tài)條件下系統(tǒng)地解析dànbáizhì的功能狀態(tài)、相互作用和小分子靶標(biāo)。這一策略在藥物發(fā)現(xiàn)、酶功能研究、翻譯后修飾識別等領(lǐng)域具有廣泛應(yīng)用價值。本文將系統(tǒng)梳理化學(xué)蛋白組學(xué)的實(shí)驗(yàn)流程與數(shù)據(jù)分析思路，幫助科研人員深入理解這一前沿技術(shù)，并探討如何借助zhuānyè平臺如百泰派克生物科技，高效推進(jìn)相關(guān)研究。

一、什么是化學(xué)蛋白組學(xué)？

化學(xué)蛋白組學(xué)是基于可共價修飾dànbáizhì的化學(xué)探針（chemical probes），通過活性位點(diǎn)標(biāo)記、親和富集與質(zhì)譜鑒定，實(shí)現(xiàn)對dànbáizhì功能狀態(tài)的全景描繪。

其核心優(yōu)勢在于：

1、特異性強(qiáng)：可設(shè)計特異性探針靶向某一類酶或結(jié)構(gòu)基序（如sīānsuān水解酶、半guāngānsuān殘基等）；

2、原位應(yīng)用：能在細(xì)胞甚至動物水平上直接進(jìn)行；

3、功能導(dǎo)向：不僅識別蛋白，還關(guān)注其活性狀態(tài)或小分子結(jié)合位點(diǎn)。

二、化學(xué)蛋白組學(xué)實(shí)驗(yàn)流程解析

整個實(shí)驗(yàn)流程通常包括以下關(guān)鍵步驟：

1、化學(xué)探針設(shè)計與合成

探針通常包括三部分：

（1）識別基團(tuán)：與目標(biāo)蛋白活性位點(diǎn)結(jié)合；

（2）可反應(yīng)基團(tuán)：與蛋白形成共價鍵；

（3）標(biāo)簽結(jié)構(gòu)：用于后續(xù)富集或熒光/光親和標(biāo)記，如biotin、alkyne等。

常見探針類型：

（1）ABPP（Activity-Based Protein Profiling）探針

（2）Photoaffinity labeling 探針

（3）Covalent ligand 探針

2、樣本處理與探針標(biāo)記

* 將探針添加至細(xì)胞裂解液或活細(xì)胞中，充分孵育；

• 對照組加入非活性類似物或過量競爭小分子，用于鑒別特異性結(jié)合。

3、點(diǎn)擊化學(xué)修飾（Click Chemistry）

利用CuAAC反應(yīng)將探針標(biāo)記的alkyne結(jié)構(gòu)與biotin-azide等進(jìn)行共價連接，便于后續(xù)的富集步驟。

4、蛋白富集與酶切

* 通過鏈霉親和素磁珠進(jìn)行富集；

• 富集后的蛋白進(jìn)行yídànbáiméi酶切，獲得可上機(jī)的肽段。

5、質(zhì)譜檢測（LC-MS/MS）

采用高分辨Orbitrap或Q-TOF質(zhì)譜平臺對肽段進(jìn)行jīngquè檢測，獲取肽段序列、修飾位點(diǎn)及相對豐度信息。

在百泰派克生物科技，我們使用優(yōu)化的富集-酶切流程與Thermo Orbitrap Exploris等優(yōu)良質(zhì)譜平臺，確?；瘜W(xué)蛋白組學(xué)實(shí)驗(yàn)在靈敏度和重復(fù)性方面表現(xiàn)優(yōu)異。

三、數(shù)據(jù)分析策略

化學(xué)蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)分析與常規(guī)dànbáizhì組學(xué)有所不同，需結(jié)合化學(xué)修飾位點(diǎn)和定量特征，常用流程包括：

1、數(shù)據(jù)預(yù)處理

• 使用MaxQuant、Proteome Discoverer等軟件進(jìn)行MS數(shù)據(jù)識別和定量；

• 識別化學(xué)探針標(biāo)記位點(diǎn)（如alkyne標(biāo)簽位點(diǎn)）；

• 去除背景綁定（通過競爭組、空白組過濾）。

2、特異性結(jié)合蛋白篩選

• 設(shè)定豐度比值（如DMSO對比探針標(biāo)記組）閾值；

• 結(jié)合統(tǒng)計學(xué)分析（如t-test, FDR校正）篩選高置信靶標(biāo)。

3、功能注釋與通路富集

• 利用DAVID、Metascape、STRING等工具，分析標(biāo)記蛋白的分子功能、亞細(xì)胞定位、信號通路；

• 揭示特定探針或小分子作用的生物學(xué)機(jī)制。

4、靶標(biāo)驗(yàn)證（可選）

進(jìn)一步通過Western Blot、Co-IP或功能實(shí)驗(yàn)證實(shí)核心靶蛋白的功能角色與結(jié)合關(guān)系。

四、應(yīng)用案例：從機(jī)制研究到藥物開發(fā)

化學(xué)蛋白組學(xué)已經(jīng)在多個方向展現(xiàn)出強(qiáng)大的應(yīng)用潛力：

1、新型藥物靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)：識別小分子共價結(jié)合的dànbáizhì靶標(biāo)（如KRAS G12C、BTK）；

2、酶活性譜分析：通過ABPP探針評估細(xì)胞內(nèi)酶活性動態(tài)變化；

3、翻譯后修飾研究：檢測氧化、硝化、烷基化等修飾位點(diǎn)；

4、細(xì)胞應(yīng)答機(jī)制探索：分析藥物或應(yīng)激因子誘導(dǎo)的蛋白活性變化。

五、百泰派克生物科技：一站式化學(xué)蛋白組學(xué)解決方案

在百泰派克生物科技，我們提供從探針篩選建議、實(shí)驗(yàn)方案定制、富集與上機(jī)、到數(shù)據(jù)分析與生物學(xué)解釋的全流程服務(wù)，助力您的科研項(xiàng)目快速推進(jìn)：

• 經(jīng)驗(yàn)豐富的化學(xué)修飾蛋白組專家團(tuán)隊

• 高通量自動化樣本處理平臺

• Orbitrap高分辨質(zhì)譜jīngzhǔn鑒定

• 深度分析報告 + 生物學(xué)注釋支持

化學(xué)蛋白組學(xué)作為連接“結(jié)構(gòu)-功能-靶點(diǎn)”研究的橋梁，正日益成為功能dànbáizhì組學(xué)的重要組成部分。它不僅揭示了dànbáizhì如何被調(diào)控，更為藥物靶標(biāo)識別和機(jī)制闡明提供了dútè視角。如果您正關(guān)注某一小分子的蛋白靶標(biāo)、某類酶的活性變化，或希望以功能為導(dǎo)向深入解析蛋白組學(xué)——?dú)g迎聯(lián)系百泰派克生物科技，開啟您的專屬化學(xué)蛋白組學(xué)研究方案。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭?xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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