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 通過(guò)肽質(zhì)量指紋圖譜識(shí)別蛋白需要將蛋白酶解后，使用質(zhì)譜來(lái)分析酶解產(chǎn)物，然后檢索數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)確認(rèn)得到的序列片段。然而，通過(guò)檢索數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)確定N-和C-末端序列卻并不容易。原因在于：1）處理和翻譯后修飾經(jīng)常導(dǎo)致蛋白質(zhì)N-和C-末端結(jié)構(gòu)發(fā)生變化；2）離子抑制效應(yīng)的存在導(dǎo)致部分蛋白序列不可測(cè)定。蛋白N-末端氨基酸序列可以使用蛋白測(cè)序儀（PPSQ-31A/33A）或者蛋白N-末端測(cè)序組件(ORFinder-NBTM)來(lái)檢測(cè)。然而，對(duì)C-末端結(jié)構(gòu)來(lái)說(shuō)，檢測(cè)技術(shù)的需求使得蛋白末端氨基酸序列分析變得比以往更為重要。

本文以包含有特征C-末端蛋白的樣品為例，介紹一種全新的、以質(zhì)譜分析氨基酸序列的成功例子。使用LysC酶解蛋白樣品，以TMPP-Ac-OSu對(duì)酶解產(chǎn)物進(jìn)行衍生化修飾，并用DITC樹(shù)脂進(jìn)行分離后，以島津AXIMA Performance檢測(cè)確定了蛋白C-末端氨基酸序列。

島津AXIMA Performance

AXIMA PerformanceTM作為島津功能全面的科學(xué)研究級(jí)MALDI-TOF-TOF儀器，性價(jià)比高，是大學(xué)，科研單位用戶的機(jī)型?？梢匀娴拈_(kāi)展高通量蛋白質(zhì)組學(xué)研究，包括多肽，蛋白分子量測(cè)定，蛋白鑒定，多肽序列分析，翻譯后修飾研究，如磷酸化，糖基化研究等。高通量自動(dòng)化蛋白鑒定，高分辨雙離子門，高能CID技術(shù)進(jìn)行MS/MS，新型曲線場(chǎng)反射器等技術(shù)是該儀器成為蛋白質(zhì)組學(xué)研究的有利工具。LMZ(low mass zoom)功能是該儀器的一個(gè)優(yōu)勢(shì)，可以對(duì)低質(zhì)量端的譜圖優(yōu)化，得到的低質(zhì)量端數(shù)據(jù)，如亞氨離子的信號(hào)得到增強(qiáng)，幫助MS/MS譜圖的準(zhǔn)確解析。

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