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AI也能“從零開始”設計蛋白酶?酶工程領域重要里程碑!
2025年02月25日 15:04:38 來源:化工儀器網(wǎng) 點擊量:1444

在新一期《科學》期刊上,一項由諾貝爾獎得主、美國華盛頓大學的大衛(wèi)·貝克教授及其團隊完成的突破性研究成果引發(fā)了廣泛關注——他們首次利用AI,成功從零開始設計了具有復雜活性位點的絲氨酸水解酶,這一成就標志著酶工程領域邁入了一個全新的里程碑。

  人工智能(AI)作為現(xiàn)代科技的杰出代表,已經(jīng)在多個領域展現(xiàn)出其強大的應用潛力和價值。在醫(yī)療健康領域,AI能夠借助先進的算法和大數(shù)據(jù)處理能力,快速、精準地診斷疾?。辉谵r(nóng)業(yè)領域,AI的應用推動了智慧農(nóng)業(yè)和智能農(nóng)機的發(fā)展;在科學研究與探索領域,AI的應用主要體現(xiàn)在數(shù)據(jù)處理、模型預測和實驗設計等方面。
 
  酶是自然界中的“魔法師”,它們能夠在溫和條件下迅速加速化學反應,并改變分子的結構。酶存在于所有生物體的細胞中,是生命必不可少的組成部分。目前,酶已經(jīng)在藥物生產(chǎn)和工業(yè)過程中得到應用。新開發(fā)的酶設計工具有望推動更廣泛的應用領域。
 
  然而,傳統(tǒng)酶設計方法在整合活性位點至預先存在的蛋白質結構時,往往受到結構靈活性和活性位點預組織程度的限制,導致催化效率不盡如人意。盡管化學手段能在一定程度上緩解這些問題,但最初通過計算設計的酶效率仍遠低于天然酶。
 
  在新一期《科學》期刊上,一項由諾貝爾獎得主、美國華盛頓大學的大衛(wèi)·貝克教授及其團隊完成的突破性研究成果引發(fā)了廣泛關注——他們首次利用AI,成功從零開始設計了具有復雜活性位點的絲氨酸水解酶,這一成就標志著酶工程領域邁入了一個全新的里程碑。
 
  貝克團隊此次引入了一種名為PLACER(蛋白質—配體原子構象集合再現(xiàn))的新型機器學習網(wǎng)絡。該網(wǎng)絡通過分析蛋白質骨架、氨基酸特性和結合分子的化學結構,能夠預測酶活性位點的精確原子排列。這一創(chuàng)新技術的運用,使得團隊能夠更準確地設計具有高效催化能力的酶。
 
  在研究中,研究人員使用了貝克爾實驗室開發(fā)的RFdiffusion模型,這是一款開源的蛋白質生成AI程序,并使用PLACER評估這些蛋白質的活性位點組織情況,幫助篩選出最有潛力的從零開始設計的酶。經(jīng)過不懈努力,他們成功設計出了功能性絲氨酸水解酶。
 
  這些酶僅需最小化的活性位點規(guī)范,就能有效地催化酯水解反應。此外,該方法還在低通量篩選過程中發(fā)現(xiàn)了5種全新的酶折疊方式,這些折疊方式不同于任何已知的天然絲氨酸水解酶,極大地豐富了這一古老酶家族的結構多樣性。
 
  研究人員表示:“它們還不如天然酶表現(xiàn)得好,但這些酶是計算機生成的,已經(jīng)是目前為止最優(yōu)秀的,并且非常精確。”與此同時,貝克爾實驗室的博士畢業(yè)生安娜?勞科也說道:“現(xiàn)在,理論上我們能夠制造出針對任何反應的定制酶。這簡直顛覆了我們過去設計酶的方式。”這一研究成果不僅代表了從頭設計酶的重大進步,也為開發(fā)更高效的催化劑開辟了新途徑。對于理解和擴展酶的功能性而言,這一突破同樣具有重要意義。
 
  在生命科學領域,AI也正逐步成為蛋白酶設計的重要工具。蛋白酶的設計通常需要精確控制氨基酸序列和三維結構,而傳統(tǒng)的蛋白酶設計方法依賴大量的實驗試錯,不僅耗時費力,而且成本高昂。相比之下,AI技術憑借其強大的算法和數(shù)據(jù)處理能力,能夠快速分析海量的蛋白質結構與功能數(shù)據(jù),并預測氨基酸序列如何折疊成三維結構。這不僅顯著提升了蛋白酶設計的效率,還有助于發(fā)現(xiàn)和設計全新的蛋白酶,為生命科學領域的研發(fā)創(chuàng)新注入了新的活力。
 
  展望未來,隨著AI技術的不斷發(fā)展和完善,我們有理由相信,酶工程領域將迎來更多的突破性進展。這些進展不僅將推動生命科學領域的發(fā)展,還可能為醫(yī)藥、化工等多個行業(yè)帶來革命性的變化。
 
  (資料參考來源: 科技日報等)
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